Telomere-to-telomere assembly of diploid chromosomes with Verkko2025-07-142025-07-22BioinformaticsLA reads: long accurate reads UL reads: ultra-long reads 问题, 重复序列压缩后,如何恢复成原来的序列 Methods2025-07-14|181|0|0
VStrains2025-06-172025-08-07Bioinformatics2 Methods 2.2 Algorithm Overview SPAdes 构建组装图和contig 规范化顶点和边的正反向 深入的利用 pair-end read 之间额外的连接信息 利用contig,pair-end links 和 coverage 信息进行分割分支和收缩无分支路径,来解开2025-06-17|353|0|0
MetaCompass: Reference-guided Assembly of Metagenomes2025-05-132025-05-14BioinformaticsMethods Methods overview. 算法流程 有一个参考的基因组集合。 这个集合选出可能用来指导样本组装的子集,一个基因组,它内部的marker gene 在样本的reads中越多,越优先被选择。 基于ANI 核苷酸一致性,对参考序列集合聚类去冗余 组装中,以cluster为单位进行2025-05-13|216|0|0
Benchmarking metagenomic binning tools on real datasets across sequencing platforms and binning modes2025-04-292025-04-30BioinformaticsAbstract 介绍分箱是什么,做这篇工作的原因。本文的主要内容是什么,结果怎么样,最终的用途。 Introduction 介绍为什么需要分箱,微生物多样性未知,此外许多很难在实验室隔离培养。所以出现了 binning作为一个策列去探索未知的微生物社区。 介绍了几种binning的方法原理,然后几2025-04-29|203|0|0
CheckM2: a rapid, scalable and accurate tool for assessing microbial genome quality using machine learning2025-04-222025-04-23BioinformaticsMethods Simulating genome completeness and contamination NCBI 上 4978 个 bacterial 和 322 个archaeal,Galah去重(99%)。Prodigal预测基因,BBMap采样预测的蛋白质。创建完整度5-100%的片2025-04-22|180|0|0
GNN 及相关工作2025-04-122025-04-12看起来很美好,实际应用感觉一般啊,试了试 图上的对比学习,图运算限制太大了,而且实际效果也不太行。后续把 simCLR 改 MOCO 试试效果。 https://zhuanlan.zhihu.com/p/605750441 GNN 最好的介绍 https://distill.pub/2021/gnn2025-04-12|127|0|0
Caddy反向代理,qbittorrent 不显示真实IP 解决2024-10-24caddy 配置 xxx.com { encode gzip reverse_proxy localhost:1234 { header_up X-Forwarded-Host {host} header_up X-Real-IP {remote_host} header_up Ho2024-10-24|362|0|0
MetaCC allows scalable and integrative analyses of both long-read and short-read metagenomic Hi-C data2024-09-242024-09-25Bioinformatics负二项分布描述的是第r次成功之前失败的次数。 负二项分布与二项分布不一样,它表示在一些列伯努利试验中,成功概率为 p,成功次数为 r之前的失败次数的概率分布。表示成: x \sim NB(r,p) \\ P_r(x=k) = C_{k+r-1}^k(1-p)^kp^r Abstract Mettag2024-09-24|271|0|0